La première maison du village aurait été bâtie aux environs de l'an 1100 après Jésus Christ.
Le nom de Saint Bernard est lié à l'histoire de l'Abbaye de Cîteaux :
- en 1113 Bernard de Fontaine, près de Dijon, accompagné de ses parents et amis, vient redonner espoir et élan au nouveau "monastère" en multipliant les fondations ( la Ferté, Pontigny, Morimond et Clairvaux dont il sera le premier abbé)
- au début du XIII ème siècle, bénéficiant de l'action et de l'éclat de Saint-Bernard, l'abbaye de Cîteaux est à la tête d'un ordre qui compte près de 500 maisons.
Le village s'est agrandi au début du XVII ème siècle du fait de l'installation de familles venues d'Alsace et de Lorraine, amenées par les moines de Cîteaux.
L'Abbaye de Cîteaux, propriétaire des terres, décide de créer le 31 octobre 1608 le village de Saint Bernard les Cîteaux.
A la révolution, la commune s'appelle Brétigny la Rue. Ce n'est qu'en 1803 que le village a repris son nom d'origine.
Les premiers plans du cadastre datent de 1827. Le village ne se compose alors que de quelques fermes.
Au recensement de 2016, la population de St Bernard comptait 476 habitants.